O terceiro filme, Men in Black, é uma sequência da famosa comédia americana. Estrelado por todos iguais Tommy Lee Jones e Will Smith. O diretor foi novamente assumido por Barry Sonnenfeld, produtor executivo de Steven Spielberg. O filme estreou nos cinemas em 23 de maio de 2012.
O papel do herói negativo desta vez é assumido por Jemaine Clement, ele interpreta Boris. Este é o criminoso que escapou da Prisão Lunar. Ele arde de ódio pelo Agente Kay, que em julho de 1969 pegou o culpado e o deixou sem um braço. Quando Kay repentinamente descobre que Boris fugiu, ele expressa grande pesar por não tê-lo matado durante sua prisão. Depois disso, o agente simplesmente desaparece, e apenas seu parceiro Jay se lembra de que ele existiu. O restante da equipe de preto acha que Kay morreu em um confronto com algum criminoso em 1969.
A única explicação para tal reversão da realidade é uma mudança no passado. Jay e o Agente O decidem que Boris está envolvido. Isso é confirmado por outro evento de escala cósmica - a invasão da Terra pela raça Boris. Na realidade anterior, isso era impossível, já que Kay instalou um dispositivo de proteção no planeta chamado "ArkNet". Agora, em conexão com a morte do agente, várias décadas atrás, a Terra não tinha nenhuma barreira de inimigos espaciais.
Jay descobre que Boris foi enviado ao passado por Jeffrey Price, um negociante de eletrônicos que tinha um time shifter ilegal em seu arsenal. O agente não tem escolha a não ser viajar no tempo para salvar seu parceiro. E ele é imediatamente preso pelo jovem Kay. Durante o interrogatório, Jay conta tudo a ele e o futuro parceiro acredita. Juntos, eles encontram o Arkanian Griffin, que tem o ArkNet. Agora os três continuam sua jornada e partem para instalar proteção na lua. Mas em um foguete eles são presos pelo coronel. Agora ele se torna o guardião do segredo de Jay.
A partir desse momento, os eventos se desenvolvem rapidamente. Os heróis se encontram com dois Boris e uma luta começa. Um criminoso do futuro é jogado no poço do foguete e o jovem Boris é enviado atrás dele. A proteção para a Terra foi estabelecida. E agora, ao que parece, a missão de Jay está concluída, mas um jovem criminoso que milagrosamente sobrevive aparece. O coronel morre, mas Boris também é destruído. E agora um novo personagem aparece no filme. Um menino sai do carro do coronel e começa a procurar o pai. O agente se reconhece. Jay retorna ao seu tempo e encontra Kay no café. Tudo voltou.
