O primeiro czar russo que não era da família Rurik, Boris Godunov, morreu aos 53 anos em 13 de abril de 1605. Sua morte está envolta em segredos, e até hoje os historiadores discutem se sua morte foi natural ou violenta.
Os documentos das crônicas indicam que, no dia de sua morte, Godunov parecia saudável, jantou com grande apetite e subiu à torre da qual adorava observar Moscou. Então ele desceu dela, sentindo-se mal. O médico convocado para o czar não podia fazer nada, o czar sangrou pelas orelhas e nariz, logo Godunov foi embora.
Como escreveu um dos representantes do embaixador inglês Thomas Smith, que naquele momento se encontrava na corte do autocrata russo, o czar sentiu, além de náuseas e dores de estômago, morreu antes que o médico chegasse.
A morte repentina de Boris Godunov, dores de estômago dão motivos para suspeitar que o czar foi envenenado. Sua morte foi benéfica, em primeiro lugar, para os adeptos do Falso Dmitry I, cujas tropas estavam se aproximando de Moscou naquela época.
Também correu o boato entre o povo de que o próprio czar foi envenenado em um acesso de desespero causado por sua impopularidade entre o povo, a fome no país e sua ocupação pelos poloneses.
Conhecendo o temperamento de Boris, seu caráter, o desejo de poder supremo, para o qual ele estava pronto para tudo (foi acusado de envenenar Ivan, o Terrível, o assassinato do czarevich Dmitry, filho de Ivan IV), e que ele alcançou, tornando-se o de governante de fato da Rússia sob Fedor Ivanovich, você pode duvidar da versão do suicídio de Godunov. O povo russo, sua opinião sobre o czar, era, provavelmente, indiferente ao autocrata. O avanço dos poloneses em todo o país também não assustou o czar, porque houve tempos ainda piores na história da Rússia, lembremos, por exemplo, a invasão dos tártaros mongóis na Rússia.
Não se deve esquecer que Godunov esteve frequentemente doente ultimamente, e sua morte pode ser o resultado de uma longa doença do autocrata.